Corpo Docente
Informação Geral
Qualificações Académicas
Doutoramento em Bioinformática, Universidade de Estrasburgo, França (2011)
Interesses de Investigação
Bioinformática
Desenvolvimento de software
Bases de dados biológicas
Biologia Estrutural
Principais Publicações
Miao, Z., Adamiak, R. W., Blanchet, M. F., Boniecki, M., Bujnicki, J. M., Chen, S. J., Cheng, C., Chojnowski, G., Chou, F. C., Cordero, P., Cruz, J., Ferré-D'amaré, A. R., Das, R., Ding, F., Dokholyan, N. V., Dunin-Horkawicz, S., Kladwang, W., Krokhotin, A., Lach, G., Magnus, M., Major, F., Mann, T. H., Masquida, B., Matelska, D., Meyer, M., Peselis, A., Popenda, M., Purzycka, K. J., Serganov, A., Stasiewiccz, J., Szachniuk, M., Tandon, A., Tian, S., Wang, J., Xiao, Y., Xu, X., Zhang, J., Zhao, P., Zok, T., & Westhof, E. (2015). RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures. RNA, 21(6), 1066-1084. doi: 10.1261/rna.049502.114
Abril-de-Abreu, R., Cruz, J., & Oliveira, R. F. (2015). Social eavesdropping in zebrafish: tuning of attention to social interactions. Scientific Reports, 5(1), 1-7. doi: 10.1038/srep12678
Gabaldón, T., Martin, T., Marcet-Houben, M., Durrens, P., Bolotin-Fukuhara, M., Lespinet, O., Aguileta, G., Arnaise, S., Atanassova, R., Bouchier, C., Couloux, A., Creno, S., Cruz, J.A., Devillers, H., Enache-Angoulvant, A., Guitard, J., Jaouen, L., Ma, L., Marck, C., Neuvéglise, C., Pelletier, E., Poulain, J., Westhof, E., Wincker, P., Dujon, B., Hennequin, C., Fairhead, C. (2013). Comparative genomics of emerging pathogens in the Candida glabrata clade. BMC Genomics, 14, 623. doi: 10.1186/1471-2164-14-623
Cruz, J.A., Blanchet, M.F., Boniecki, M., Bujnicki, J.M., Chen, S.J., Cao, S., Das, R., Ding, F., Dokholyan, N.V., Flores, S.C., Huang, L., Lavender, C.A., Lisi, V., Major, F., Mikolajczak, K., Patel, D.J., Philips, A., Puton, T., Santalucia, J., Sijenyi, F., Hermann, T., Rother, K., Rother, M., Serganov, A., Skorupski, M., Soltysinski, T., Sripakdeevong, P., Tuszynska, I., Weeks, K.M., Waldsich, C., Wildauer, M., Leontis, N.B., Westhof, E. (2012). RNA-Puzzles: A CASP-like evaluation of RNA three-dimensional structure prediction. RNA, 18, 610-625. doi: 10.1261/rna.031054.111.
Cruz, J.A., Westhof, E. (2011). Sequence-based identification of 3D structural modules in RNA with RMDdetect. Nature Methods, 8, 513-519. doi: 10.1038/nmeth.1603